昌吉州历史悠久，在六、七千年以前的新石器时代，昌吉州境内木垒河一带已有原始人类狩猎。公元3世纪初至6世纪中叶，境内先后为高车、柔然、突厥、西突厥铁勒部等部族游牧驻地。公元800年，回鹘在高昌建立回鹘汗国，北庭为其陪都，自此这里便成了回族聚居区之一。公元十三世纪初，元朝在今吉木萨尔县别失八里设行尚书省，统天山南北畏兀儿之地，成为新疆及邻近地区的政治、军事、文化中心，首府即今吉木萨尔县北庭故城。1950年，各族人民获得解放，1955年3月原昌吉回族自治区正式成立昌吉回族自治州。